Kualitas pendidikan yang rendah menyebabkan rendahnya kualitas lulusan pada tingkat pendidikan primer, sekunder, maupun pendidikan tinggi. Ini merupakan faktor utama rendahnya tingkat literasi.

Kualitas lulusan antara lain ditentukan oleh kualitas atau kompetensi guru. Hasil uji kompetensi guru pada tahun 2015 hanya mencapai nilai rata-rata 53,02% dan kompetensi calon guru hanya mencapai 44%. Kualitas guru di Indonesia masih jauh dari memadai.

Gizi juga merupakan faktor kendala dalam mengatasi masalah rendahnya literasi. Prevalensi balita yang mengalami kekurangan gizi dan tubuh pendek (stunting) pada tahun 2010 masing-masing mencapai 17,9% dan 35,6%.

Pada tahun 2013 kekurangan gizi mencapai 17,8% dan prevalensi tubuh pendek bahkan naik menjadi 36,8%. Dalam masalah gizi ini Indonesia termasuk 36 negara di dunia yang berkontribusi terhadap 90% masalah gizi dunia.

Selanjutnya faktor infrastruktur pendidikan–seperti ketersediaan listrik, lab komputer dan akses terhadap internet, serta perpustakaan–ikut menyumbang dalam penanganan masalah rendahnya literasi.

Infrastruktur pendidikan Indonesia tertinggal dibandingkan beberapa negara ASEAN. Ketersediaan listrik dan laboratorium komputer berada di bawah Singapura, Malaysia, Thailand, dan Filipina. Akses terhadap internet di bawah Singapura, Malaysia, dan Thailand. Dan Indonesia berada di bawah Singapura, Malaysia, Thailand, Filipina, dan Vietnam dalam hal teknologi komunikasi informasi.

Terakhir faktor rendahnya minat membaca masyarakat Indonesia. Menurut Survei Sosial dan Ekonomi Nasional (Susenas) yang dilakukan Badan Pusat Statistik (BPS) sampai 2015 pembaca surat kabar hanya 13,1%, sementara penonton televisi mencapai 91,5%.

Rendahnya minat membaca ini antara lain terjadi sejak kemerdekaan akibat dihapuskannya secara bertahap buku bacaan wajib di sekolah.

Dulu di era sebelum kemerdekaan pelajar AMS (sekolah setara SMA untuk pribumi di zaman pendudukan Belanda) diwajibkan membaca 25 judul buku dan pelajar HBS (sekolah setara SMA untuk anak Eropa dan bangsawan pribumi) sebanyak 15 judul buku.